Cómo registrar la venta de medicamentos controlados y cumplir con COFEPRIS

En México, la Ley General de Salud clasifica los medicamentos en grupos con obligaciones distintas: los estupefacientes y psicotrópicos requieren receta especial, libro de control ante COFEPRIS y retención física de la receta en la farmacia; los antibióticos exigen receta obligatoria con sello, pero no requieren libro de control. Actualizado junio 2026.

En este artículo:

¿Qué son los medicamentos controlados según la Ley General de Salud?

Los 3 grupos con regulación especial: estupefacientes, psicotrópicos y antibióticos

¿Qué registros obligatorios exige COFEPRIS a tu farmacia?

¿Qué datos debes capturar en cada venta de medicamento controlado?

La diferencia entre antibióticos y medicamentos controlados que muchas farmacias confunden

Cómo Pulpos te ayuda a organizar el registro de ventas con receta

NOM-220-SSA1-2016: la obligación de farmacovigilancia que no debes ignorar

Glosario regulatorio

Preguntas frecuentes

Jorge Méndez tiene dos farmacias en Guadalajara y lleva siete años operando. En su primer inventario físico con el sistema detectó un faltante de $8,000 en medicamentos controlados que no había podido rastrear antes. Lo que encontró no fue descuido de sus empleados: fue la ausencia de un proceso claro para capturar los datos de cada receta al momento de la venta.

Ese proceso no es opcional. En México, vender un medicamento controlado sin el registro correcto puede derivar en una suspensión de operaciones por parte de COFEPRIS. Y el primer paso para no cometer ese error es entender exactamente qué te pide la ley, por qué y cómo organizarlo en tu día a día.

Si ya tienes o estás evaluando el sistema POS para farmacias, este artículo es el complemento regulatorio que necesitas leer antes de configurar los productos con receta en tu sistema.

¿Qué son los medicamentos controlados según la Ley General de Salud en México?

La Ley General de Salud, en su Artículo 226, clasifica los medicamentos en seis fracciones según su potencial de abuso, dependencia y riesgo para la salud pública. Las primeras dos fracciones son las que más obligaciones generan para una farmacia independiente: los estupefacientes (Fracción I) y los psicotrópicos de uso médico (Fracción II).

El término «medicamento controlado» en el lenguaje cotidiano de las farmacias se usa para referirse a estas dos categorías. Son los que exigen más control porque tienen alto riesgo de dependencia o abuso. Morfina, codeína, alprazolam y clonazepam son ejemplos comunes que los farmacéuticos conocen bien.

Lo que muchas farmacias no tienen del todo claro es que los antibióticos no entran en esta categoría, aunque también requieren receta obligatoria desde 2010. La confusión es comprensible: en la práctica diaria, tanto el antibiótico como la benzodiacepina requieren una receta para venderse. Pero las obligaciones adicionales de registro son completamente distintas. Esa diferencia es el corazón de este artículo.

Los 3 grupos con regulación especial: qué exige cada uno a tu farmacia

Antes de detallar los grupos, es útil tener la tabla completa. Las obligaciones varían de forma significativa y la diferencia entre retener una receta y llevar un libro de control marca la distancia entre un proceso simple y un proceso auditado por COFEPRIS.

Tipo de medicamento | Tipo de receta | La farmacia retiene | Requiere libro de control

Estupefacientes (Grupo I)
Morfina, codeína, opiáceos

Receta especial con folio COFEPRIS (electrónica o papel)

La receta original completa

Sí — COFEPRIS-03-005

Psicotrópicos (Grupo II)
Alprazolam, clonazepam, benzodiacepinas

Receta médica retenida

La receta original

Sí — COFEPRIS-03-005

Antibióticos
Amoxicilina, azitromicina, ciprofloxacino

Receta obligatoria (Acuerdo DOF may-2010)

Copia sellada por la farmacia

No

Grupo I: Estupefacientes — el nivel más estricto de control

Los estupefacientes de Fracción I incluyen morfina, codeína, metadona y otros opiáceos. Son los medicamentos con mayor potencial de abuso y, por eso, el sistema de control es el más riguroso de todos.

Para dispensar un estupefaciente, la farmacia debe verificar que la receta tiene un folio oficial emitido por COFEPRIS. Ese folio se puede validar en el Sistema de Recetarios Electrónicos de COFEPRIS, que permite confirmar que la receta es auténtica antes de dispensar el medicamento. Una vez validada la receta, la farmacia la retiene completa (no copia, el original) y registra la dispensación en el libro de control.

Grupo II: Psicotrópicos de uso médico — receta retenida más libro de control

El alprazolam, el clonazepam y otras benzodiacepinas de uso médico caen en esta categoría. La obligación de retener la receta original también aplica aquí. La diferencia con los estupefacientes es que la receta no requiere folio COFEPRIS — es una receta médica ordinaria con el nombre del médico, su cédula y los datos del paciente. Pero el libro de control sí es obligatorio.

Antibióticos: receta obligatoria, pero sin libro de control COFEPRIS

Esta es la distinción que más se confunde en las farmacias. Desde agosto de 2010, el Acuerdo publicado en el DOF del 27 de mayo de 2010 establece que los antibióticos solo se pueden vender con receta médica. La farmacia debe sellar la receta, conservar una copia y entregársela al médico si la pide.

Lo que este Acuerdo no establece es la obligación de llevar un libro de control COFEPRIS-03-005. Ese trámite es exclusivo para estupefacientes y psicotrópicos. Confundir ambas categorías genera trabajo innecesario o, peor, da falsa sensación de cumplimiento en el área que sí importa.

Dato clave: En México hay 62,538 farmacias activas según el DENUE 2024. La gran mayoría son farmacias independientes con menos de 5 empleados — donde el dueño también es el responsable sanitario. Para ellas, entender qué exige COFEPRIS en cada categoría de medicamento es la diferencia entre operar con tranquilidad y estar expuesto a una sanción. — Fuente: INEGI DENUE 2024 vía SaludDiario

¿Qué registros obligatorios exige COFEPRIS a tu farmacia al vender medicamentos controlados?

Hay tres pilares de cumplimiento que toda farmacia independiente debe tener en orden antes de que llegue un inspector.

El libro de control de estupefacientes y psicotrópicos (COFEPRIS-03-005)

El trámite COFEPRIS-03-005 es la autorización oficial para llevar el libro de control de estupefacientes y psicotrópicos. Sin este trámite, la farmacia no puede vender legalmente medicamentos de Grupo I y II.

El libro de control no es un cuaderno cualquiera: debe contener datos mínimos específicos por cada dispensación. Según la Guía para el Ingreso de Libros de Control de COFEPRIS, los campos obligatorios son:

Fecha de dispensación: el día exacto de la venta.

Número de aviso de previsión: el folio del pedido a proveedor autorizado.

Nombre del proveedor y número de factura de compra.

Nombre completo del médico prescriptor y su cédula profesional.

Nombre del medicamento y cantidad dispensada.

Nombre o identificador del paciente (para estupefacientes de Fracción I).

Este libro lo revisa COFEPRIS o la Secretaría de Salud estatal durante las visitas de verificación sanitaria. Si los datos están incompletos o la farmacia no puede presentarlo, se expone a sanciones que van desde multas hasta la suspensión de operaciones.

La receta especial con folio para estupefacientes (Fracción I)

Para los medicamentos de Fracción I, la receta que presenta el paciente debe tener un folio oficial COFEPRIS. El sistema de recetarios electrónicos permite validar ese folio en línea antes de dispensar. Si la receta no tiene folio o el folio no valida, la farmacia no puede dispensar el medicamento, aunque el médico sea legítimo.

Esto protege a la farmacia: si dispensas sin verificar el folio y la receta resulta ser apócrifa, la responsabilidad recae en el establecimiento.

Licencia sanitaria y responsable sanitario

Toda farmacia que dispense medicamentos controlados debe tener una licencia sanitaria vigente y un responsable sanitario con cédula profesional activa. Según la Guía de Buenas Prácticas Sanitarias en Farmacias de la SSA, el responsable sanitario es quien firma ante COFEPRIS y responde por los registros del establecimiento.

Si tienes dos sucursales, cada una necesita su propia licencia y su propio responsable. No se puede compartir entre establecimientos.

¿Qué datos debes capturar en cada venta de medicamento controlado, paso a paso?

Este es el flujo operativo real que sucede en la caja cuando llega un cliente con una receta de estupefaciente o psicotrópico. Cada paso corresponde a una obligación legal y a un dato que eventualmente va al libro de control.

Verificar que la receta existe y es válida: para estupefacientes, validar el folio en el sistema de recetarios electrónicos de COFEPRIS. Para psicotrópicos, verificar que tenga nombre, cédula del médico y datos del paciente.

Registrar el número de folio de la receta (para Fracción I) o los datos de identificación de la receta.

Anotar nombre completo del médico y su cédula profesional.

Registrar fecha de expedición de la receta y fecha de dispensación.

Anotar nombre del medicamento, presentación y cantidad dispensada.

Registrar el número de lote del medicamento dispensado — dato clave para trazabilidad.

Retener la receta original en la farmacia (estupefacientes y psicotrópicos). Para antibióticos: sellar la receta, conservar copia y devolver el original al paciente.

Registrar todos estos datos en el libro de control al finalizar la venta.

Hacer este proceso en papel y de manera manual es factible, pero tiene un costo oculto: cuando llega una verificación de COFEPRIS, buscar a mano el registro de una venta específica entre semanas o meses de apuntes puede tomar horas. Un sistema que capture esos datos digitalmente desde la caja los hace consultables en segundos.

La diferencia entre antibióticos y medicamentos controlados que muchas farmacias no tienen clara

La confusión es comprensible: en la práctica, tanto el antibiótico como el psicotrópico «requieren receta». La diferencia está en qué tan exigente es esa receta y qué más se exige además de ella.

Con un antibiótico, la obligación se agota en tres pasos: verificar que el paciente traiga receta médica, sellar la receta, conservar la copia. No se lleva al libro de control. No se valida folio COFEPRIS. No se retiene el original.

Con un estupefaciente o psicotrópico, el proceso es considerablemente más complejo: validación del folio (para Fracción I), retención del original, captura de datos del médico y paciente, y registro en el libro de control que COFEPRIS puede pedir en cualquier momento.

Tratarlos igual es un error en ambas direcciones: si aplicas el proceso completo a todos los antibióticos, generas trabajo innecesario. Si aplicas el proceso simplificado a los psicotrópicos, incumples la normativa.

Tip de Pulpos: En Pulpos puedes marcar cada medicamento con la categoría que le corresponde: «requiere receta médica» para antibióticos, y una categoría distinta para los controlados. Así el sistema le indica al vendedor en caja exactamente qué datos capturar según el tipo de medicamento, sin depender de que lo recuerde de memoria.

¿Quieres saber cómo configurar esta distinción en tu sistema? El siguiente apartado explica exactamente qué puedes hacer desde Pulpos para que el proceso en caja sea consistente.

Cómo Pulpos te ayuda a organizar el registro de ventas con receta en tu farmacia

El problema que tienen muchas farmacias independientes no es que no quieran cumplir: es que el proceso de captura de datos en caja es incómodo, lento y depende de que el vendedor recuerde qué preguntar. Cuando hay fila, el dato del médico se queda sin registrar. Cuando cambia el turno, nadie sabe dónde quedó la receta. Y cuando llega la verificación, el libro de control tiene huecos.

Con el punto de venta para farmacias de Pulpos, puedes configurar el proceso de venta para que el sistema no te deje cerrar una venta de medicamento con receta sin haber capturado los datos necesarios. Eso convierte un proceso que hoy depende de la memoria de tu equipo en un flujo estructurado que se repite igual en cada venta.

Qué puedes hacer desde Pulpos en el proceso de venta con receta

Marcar productos como «requiere receta médica»: una vez configurado, el sistema solicita los datos de receta automáticamente antes de procesar la venta.

Anotar nombre completo del médico y su cédula profesional.

Asociar el número de lote del medicamento dispensado a cada venta, gracias al control de lotes y caducidades integrado.

Consultar el historial completo de ventas con receta por producto, por fecha o por médico prescriptor, desde cualquier dispositivo con acceso al sistema.

Exportar el historial de ventas con datos de receta en Excel, para que tu responsable sanitario o contador construya y mantenga actualizado el libro de control sin tener que buscar datos a mano.

Es importante ser preciso sobre esto: Pulpos no genera el libro de control en el formato oficial COFEPRIS-03-005 de forma automática. Ese trámite y ese formato son responsabilidad del responsable sanitario de la farmacia. Lo que sí hace Pulpos es darte el historial de ventas con todos los datos necesarios, organizado y exportable, para que armar ese libro no sea una tarea de horas sino de minutos.

El flujo real en caja: cómo se ve con Pulpos

El cliente llega con su receta médica al mostrador.

El cajero busca el medicamento en Pulpos y el sistema identifica que el producto requiere receta.

Pulpos solicita automáticamente los datos de la receta antes de procesar la venta.

El cajero ingresa: número de folio (si aplica), nombre del médico y cédula profesional.

La venta se procesa, el ticket se imprime y el CFDI se emite si el cliente lo solicita.

La receta original se retiene en la farmacia según la categoría del medicamento.

Esos datos quedan guardados en el historial de Pulpos, consultables en cualquier momento.

¿Quieres ver cómo se configura el registro de receta en Pulpos? Consulta el paso a paso completo en nuestro centro de ayuda: ¿Cómo vender un producto con receta médica?

El control de lotes y caducidades es la otra cara del cumplimiento en farmacias: no solo debes registrar qué vendiste y con qué receta, sino también de qué lote venía ese medicamento. Si quieres profundizar en esa parte, revisa también cómo la gestión de inventario para farmacias en Pulpos integra lotes y caducidades en el mismo flujo de venta.

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NOM-220-SSA1-2016: la obligación de farmacovigilancia que debes conocer

Más allá del libro de control, existe otra obligación que muchas farmacias independientes desconocen: la farmacovigilancia. La NOM-220-SSA1-2016 establece que todos los establecimientos que dispensan medicamentos, incluidas las farmacias independientes, deben reportar a COFEPRIS los eventos adversos relacionados con medicamentos.

¿Qué es un evento adverso y cuándo se reporta?

Un evento adverso es cualquier reacción inesperada, no deseada o dañina que ocurre después de tomar un medicamento. Si un cliente regresa a tu farmacia con una reacción inusual después de tomar un medicamento que le vendiste, o si tienes conocimiento de un problema así, la NOM-220 establece que debes reportarlo al Sistema de Farmacovigilancia de COFEPRIS.

No se trata de rastrear todos los medicamentos vendidos, sino de tener un canal de reporte activo y conocer cuándo usarlo. La Farmacopea Mexicana, en su Capítulo XII sobre Estupefacientes y Psicotrópicos, complementa estas disposiciones con los procedimientos de manejo y registro aplicables.

Tener este registro organizado, con el lote del medicamento identificado en cada venta, es lo que permite responder rápido si COFEPRIS hace un seguimiento de un lote específico. Ahí es donde el control de lotes en tu sistema de punto de venta deja de ser solo operativo y se convierte en una herramienta de protección para tu negocio.

En resumen:

Los medicamentos controlados en México se dividen en Grupo I (estupefacientes) y Grupo II (psicotrópicos), ambos requieren libro de control COFEPRIS-03-005 y retención de la receta original.

Los antibióticos requieren receta obligatoria desde 2010, pero no requieren libro de control: solo receta, sello de la farmacia y copia retenida.

El libro de control debe capturar: fecha, datos del proveedor, nombre y cédula del médico, nombre del paciente (para Fracción I) y cantidad dispensada.

Pulpos te permite marcar productos como «requiere receta», capturar los datos del médico en caja y exportar el historial de ventas en Excel para construir el libro de control sin buscar datos a mano.

La NOM-220-SSA1-2016 exige a todas las farmacias reportar eventos adversos a COFEPRIS, lo que hace aún más importante tener el control de lotes activo en tu sistema.

Si ya quieres ver cómo funciona el registro de receta en una farmacia real desde el primer día, el mejor sistema de punto de venta para farmacia en México lo explica con detalle, incluyendo la configuración inicial de productos controlados.

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Glosario regulatorio para farmacias

Estos son los términos que aparecen en la normativa de COFEPRIS y que todo dueño de farmacia debe conocer:

Estupefaciente: medicamento con alto potencial de abuso y dependencia física, clasificado en Fracción I del Artículo 226 de la Ley General de Salud. Ejemplos: morfina, codeína, metadona, oxicodona.

Psicotrópico: medicamento que actúa sobre el sistema nervioso central con potencial de dependencia, clasificado en Fracción II y siguientes del Artículo 226. Ejemplos: alprazolam, clonazepam, diazepam, lorazepam.

Libro de control (COFEPRIS-03-005): registro oficial donde la farmacia documenta cada dispensación de estupefaciente o psicotrópico. Requiere trámite de autorización ante COFEPRIS. Incluye datos de proveedor, médico, paciente y medicamento por cada venta.

Receta especial con folio: documento médico con número de folio oficial emitido por COFEPRIS, obligatorio para prescribir medicamentos de Fracción I (estupefacientes). Se valida en el sistema de recetarios electrónicos antes de dispensar.

Receta retenida: receta médica que la farmacia conserva en sus archivos después de dispensar el medicamento, en lugar de devolvérsela al paciente. Aplica para estupefacientes y psicotrópicos.

Dispensación: acto de entregar un medicamento al paciente o a quien lo adquiere, en cumplimiento de una prescripción médica.

Fracción I: primera fracción del Artículo 226 de la Ley General de Salud, que corresponde a los estupefacientes de mayor potencial de abuso. La más controlada de todas las categorías.

Farmacovigilancia: proceso continuo de detección, evaluación y prevención de eventos adversos relacionados con medicamentos. Las farmacias están obligadas a reportar eventos adversos a COFEPRIS bajo la NOM-220-SSA1-2016.

NOM-220-SSA1-2016: Norma Oficial Mexicana sobre farmacovigilancia, publicada en el DOF el 19 de julio de 2017. Establece los lineamientos para el reporte de eventos adversos en todos los establecimientos que dispensan medicamentos.

Licencia sanitaria: autorización expedida por COFEPRIS o la Secretaría de Salud estatal que permite a un establecimiento operar como farmacia. Es requisito indispensable para dispensar medicamentos controlados.

Responsable sanitario: profesional con cédula en el área de la salud que responde ante COFEPRIS por el cumplimiento regulatorio del establecimiento. Cada sucursal necesita el suyo propio.

Preguntas frecuentes

¿Debo retener la receta cuando vendo antibióticos?

No en el mismo sentido que con los medicamentos controlados. Para antibióticos, el Acuerdo DOF de mayo de 2010 indica que la farmacia debe sellar la receta, conservar una copia y entregar el original al paciente. No se retiene el original ni se registra en libro de control.

¿Puedo vender medicamentos de Grupo I sin tener el libro de control autorizado?

No. La farmacia debe tener el trámite COFEPRIS-03-005 autorizado antes de dispensar cualquier estupefaciente. Hacerlo sin el libro de control vigente es una infracción a la Ley General de Salud que puede derivar en clausura temporal del establecimiento.

¿Qué diferencia hay entre una receta retenida y una receta especial con folio?

La receta retenida es cualquier receta médica que la farmacia conserva en sus archivos después de dispensar. La receta especial con folio es un documento específico de Fracción I (estupefacientes) que tiene un número de folio oficial emitido por COFEPRIS y que debe validarse en el sistema de recetarios electrónicos antes de dispensar. Toda receta especial se retiene, pero no toda receta retenida es especial.

¿Qué pasa si un inspector de COFEPRIS llega a mi farmacia y pide el libro de control?

El inspector puede solicitar el libro de control en cualquier momento, sin previo aviso. Si el libro no está disponible, si los registros tienen datos incompletos o si las fechas no cuadran con el inventario de medicamentos controlados, el establecimiento queda expuesto a sanciones administrativas que la Ley General de Salud tipifica desde multas hasta suspensión de operaciones. Tener el historial de ventas organizado y actualizado es la mejor preparación posible.

¿Los medicamentos controlados pagan IVA en la factura?

En México, los medicamentos en general están exentos de IVA cuando se venden directamente para consumo final. Sin embargo, esto puede variar según la presentación y el tipo de cliente (público general vs. institucional). Para facturación de medicamentos controlados con CFDI 4.0, lo recomendable es verificar la clave de producto SAT correspondiente y consultar con tu contador la configuración fiscal correcta. Pulpos permite configurar los impuestos por producto de forma precisa.

¿Pulpos es compatible con el formato oficial del libro de control COFEPRIS-03-005?

Pulpos no genera automáticamente el libro de control en el formato exacto del trámite COFEPRIS-03-005. Lo que sí hace es capturar y almacenar todos los datos de cada venta con receta (folio, médico, cédula, lote, fecha) y permite exportarlos en Excel para que tu responsable sanitario construya y mantenga el libro de control sin rastrear datos a mano.

Fuentes

Ley General de Salud — Artículo 226 (Cámara de Diputados)

COFEPRIS — Trámite COFEPRIS-03-005 (Catálogo Nacional de Trámites)

COFEPRIS — Sistema de Recetarios Electrónicos Fracción I

DOF — Acuerdo antibióticos 27 de mayo de 2010

DOF — NOM-220-SSA1-2016 Farmacovigilancia

Guía de Buenas Prácticas Sanitarias en Farmacias — SSA

Guía para el Ingreso de Libros de Control — COFEPRIS

Farmacopea Mexicana — Cap. XII Estupefacientes y Psicotrópicos

INEGI DENUE 2024 — Farmacias en México (vía SaludDiario)