Mejor sistema de control de inventario para farmacia con lotes y caducidades en México [2026]

El mejor sistema de inventario para farmacia es el que registra cada lote y caducidad desde la entrada del producto, aplica PEPS automáticamente y emite el CFDI con los datos del lote incluidos. Con Pulpos puedes registrar lotes, controlar caducidades, gestionar recetas médicas y facturar desde el mismo sistema, sin instalar nada. Actualizado junio 2026.

En este artículo:

Por qué el inventario de una farmacia no es como el de cualquier negocio

Qué exige la regulación en materia de lotes y caducidades

Qué es PEPS/FEFO y por qué toda farmacia lo debe aplicar

Excel vs sistema de inventario en una farmacia regulada

Qué funciones no pueden faltar en el sistema de inventario de tu farmacia

Cómo Pulpos resuelve el inventario de farmacias independientes

Cómo configurar lotes y caducidades en Pulpos paso a paso

Cómo elegir el sistema según el tamaño de tu farmacia

El dueño de una farmacia independiente en Guadalajara con dos sucursales, con siete años operando, detectó en su primer inventario físico con un sistema de control un faltante de $8,000 en medicamentos controlados que no había podido rastrear antes. Los había registrado en un Excel (entradas, salidas, fechas de vencimiento) pero cuando el auditor de COFEPRIS llegó a revisar, el documento no era suficiente: no tenía número de lote por venta, no había trazabilidad entre el medicamento salido y la receta que lo justificaba, y los productos próximos a vencer no estaban identificados con claridad.

Este caso no es excepcional. En México hay más de 55,000 farmacias independientes que enfrentan exactamente ese dilema: llevan el inventario de alguna forma, pero no de la forma que el marco regulatorio exige. Esta guía explica qué necesita realmente el sistema de inventario de una farmacia, cómo evaluar las opciones disponibles y cómo Pulpos lo resuelve desde el punto de venta hasta la factura.

Si lo que buscas es elegir el sistema de punto de venta completo para tu farmacia, te recomendamos también leer el mejor sistema de punto de venta para farmacia en México, que cubre el POS completo incluyendo CFDI, recetas y configuración general.

¿Por qué el inventario de una farmacia no es como el inventario de cualquier otro negocio?

El control de inventario en cualquier negocio tiene el mismo objetivo básico: saber qué tienes y qué vendiste. En una farmacia ese objetivo sigue siendo válido, pero hay una capa adicional que no existe en una ferretería ni en una boutique: la obligación legal de saber de qué lote salió cada unidad que vendiste, y a quién se la vendiste.

Esa diferencia cambia todo el diseño del sistema que necesitas.

En una tienda de ropa, si vendes una playera talla M y no registras el lote, no pasa nada regulatorio. En una farmacia, si vendes un antibiótico y no registras el número de lote, tienes un problema con la autoridad sanitaria. Los medicamentos son productos regulados: su trazabilidad es obligatoria desde que entran a tu almacén hasta que salen por venta, donación, devolución o caducidad.

A eso se suman tres características del inventario farmacéutico que lo hacen más complejo que el de otros giros:

Caducidades activas: cada producto tiene una fecha de vencimiento que genera pérdida real si no se gestiona. En México, las farmacias independientes pierden hasta el 3% de sus ingresos anuales por productos vencidos no detectados a tiempo, según datos de IQVIA.

Catálogos grandes: una farmacia independiente con surtido completo maneja entre 5,000 y 15,000 referencias activas. Hacer seguimiento de lotes a esa escala sin un sistema es imposible a largo plazo.

Medicamentos controlados con receta: ciertos productos solo pueden venderse con receta médica retenida o receta especial, y esa retención debe estar documentada en el expediente de venta.

El sistema de inventario que necesitas para tu farmacia no es un Excel más robusto. Es una herramienta que conecta cada producto con su lote, su caducidad, su receta si aplica, y su factura; todo desde el mismo lugar donde haces la venta.

¿Qué exige exactamente la regulación en materia de lotes y caducidades en una farmacia, y qué pasa si no lo cumples?

COFEPRIS (Comisión Federal para la Protección contra Riesgos Sanitarios) es la autoridad que regula la operación de farmacias en México. La normativa central aplicable a farmacias independientes en materia de inventario y trazabilidad incluye la NOM-059-SSA1-2015 sobre buenas prácticas de fabricación, así como los lineamientos del Acuerdo 2010 de COFEPRIS para establecimientos farmacéuticos.

Lo que la regulación establece, en términos prácticos para una farmacia independiente, es lo siguiente:

Trazabilidad por lote: debes saber en todo momento qué lotes tienes en existencias, de qué proveedor vienen y cuándo caducan.

Registro de salidas por lote: cuando vendes un medicamento, la venta debe estar asociada al número de lote del producto que salió; no solo al nombre del medicamento.

Control de medicamentos controlados: los medicamentos del Grupo I, II y III requieren receta médica retenida, y esa retención debe quedar registrada.

Gestión de merma y caducados: los productos que caducan no desaparecen del registro; deben darse de baja formalmente como merma, con fecha, número de lote y cantidad.

Cuando COFEPRIS realiza una visita de verificación, puede solicitar que demuestres la trazabilidad de un lote específico: de dónde vino, cuánto tenías, cuánto se vendió y cuándo. Si tu único registro es un Excel sin esa información vinculada por venta, estás expuesto. No afirmaremos cifras de multas específicas porque varían según el tipo de infracción y el criterio del inspector; pero las consecuencias pueden incluir desde actas de verificación hasta suspensión de actividades.

Dato clave: México tiene más de 62,538 farmacias registradas ante el DENUE (INEGI 2024) y 55,000 de ellas son independientes. La mayoría enfrenta los mismos requisitos regulatorios que las cadenas farmacéuticas, con menos recursos para cumplirlos.

La trazabilidad no es solo una obligación de cumplimiento: es también la herramienta que te protege si hay un retiro de lote por alerta sanitaria. Cuando el fabricante o COFEPRIS emite un aviso para retirar un lote específico del mercado, necesitas saber en segundos si lo tienes en tu inventario, cuánto queda y si ya vendiste unidades de ese lote a algún cliente.

Sin esa información en tu sistema, ese proceso puede llevarte días. Con ella, son minutos.

¿Qué es el método PEPS y FEFO, y por qué toda farmacia los debe aplicar en su inventario?

PEPS es el acrónimo de Primeras Entradas, Primeras Salidas. Establece que lo primero que entró al inventario es lo primero que debe salir. En contabilidad, PEPS es el método estándar para valuar inventarios y calcular el costo de lo vendido; pero en farmacia tiene una dimensión adicional que va más allá de los números: si vendes primero lo que llevas más tiempo en tu almacén, reduces el riesgo de que esos productos lleguen a su fecha de caducidad sin venderse.

FEFO (Primeras en Expirar, Primeras en Salir) es la variante específica para productos con caducidad. La lógica es la misma, pero el criterio de salida no es la fecha de entrada sino la fecha de vencimiento: el producto que caduca más pronto es el primero que debes vender.

¿Cuál aplica en tu farmacia? Idealmente los dos, y están relacionados. En la práctica, para medicamentos con periodos de caducidad cortos o variables entre lotes, FEFO es el criterio más relevante: no te interesa vender primero el que entró primero si el que entró después caduca antes.

El problema con PEPS y FEFO en Excel es que son criterios que el sistema debería aplicar automáticamente (o al menos señalarte cuál lote vender primero) pero en una hoja de cálculo esa lógica la tienes que aplicar manualmente cada vez que haces una venta. En un día con 80 transacciones, eso no es práctico.

Un sistema de inventario para farmacia debe permitirte configurar PEPS o FEFO como método de salida y aplicarlo automáticamente en cada venta, sin que el cajero tenga que decidir de qué lote sacar el producto.

¿Qué pasa cuando llevas el inventario de tu farmacia en Excel y COFEPRIS te pide un informe de lotes?

El Excel no está mal — el problema es que no está conectado con las ventas. En palabras de Rosa Martínez, invitada del episodio 6 de El Mostrador, el podcast de Pulpos: «El Excel te dice lo que capturaste. El sistema te dice lo que realmente tienes ahora mismo.»

Para una farmacia, esa diferencia es especialmente crítica porque no solo habla de exactitud; habla de riesgo legal. El Excel puede tener toda la información que capturaste, pero no la vincula automáticamente con cada venta individual. Cuando el auditor llega, no le puedes mostrar el Excel y decir «aquí están los movimientos»: necesitas mostrar que cada salida de cada lote quedó registrada con fecha, cantidad y motivo.

El dato es contundente: según datos citados por Rosa en el mismo episodio, el INEGI estima que el 43% de las PyMES en México llevan su inventario de forma manual. En la mayoría de los casos, eso significa Excel. Y el costo de esos errores no es solo operativo: los errores de inventario manual cuestan entre 1% y 5% del valor del inventario al año.

Para una farmacia con $1,000,000 MXN en existencias, eso son entre $10,000 y $50,000 pesos al año en pérdidas evitables. Suma a eso el costo de un producto vencido no detectado, y el panorama se complica más.

Dato clave: Las farmacias independientes en México pierden hasta el 3% de sus ingresos anuales por productos vencidos, según IQVIA. En una farmacia que factura $500,000 MXN al mes, eso equivale a $180,000 pesos al año en pérdidas por caducidades no controladas.

¿Y qué pasa con la conexión a internet? Este punto genera dudas en farmacias independientes. Es común que propietarios de farmacia busquen sistemas que funcionen sin internet constante; algo que, por diseño, los sistemas en la nube no ofrecen. Pulpos requiere conexión a internet para operar; como todos los sistemas en la nube modernos. Si tienes dudas sobre la conectividad, la recomendación práctica es tener el hotspot de tu celular como respaldo: casi cualquier operadora ofrece planes de datos suficientes para mantener el sistema funcionando si se cae tu internet fijo. Lo que sí garantiza Pulpos es que tus datos están en servidores seguros; si tu computadora falla, no pierdes nada, a diferencia de los sistemas instalados en disco que sí pueden perder información.

El siguiente paso lógico es entender qué debe tener exactamente el sistema que elijas. Porque no todos los sistemas que dicen controlar «lotes y caducidades» lo hacen con el mismo nivel de profundidad.

¿Qué funciones no pueden faltar en el sistema de inventario de tu farmacia?

Antes de ver una comparativa de opciones, es útil definir qué criterios debe cumplir cualquier sistema que estés evaluando para una farmacia regulada. Estos son los que realmente importan para tu operación diaria y para tu cumplimiento con la autoridad sanitaria:

Registro de lote y caducidad por producto: cada SKU debe poder asociarse a uno o varios lotes con su fecha de vencimiento. No es suficiente con registrar el producto; el sistema tiene que saber de qué lote es cada unidad.

Salida de inventario por lote: cuando se hace una venta, el sistema debe descontar el inventario del lote correcto según PEPS o FEFO, no solo del total general del producto.

Número de lote en el CFDI: si tu farmacia factura (y debería), el CFDI debe poder incluir el número de lote del medicamento vendido. Esto es lo que cierra la cadena de trazabilidad ante el SAT y ante COFEPRIS.

Control de recetas médicas: el sistema debe permitir marcar qué productos requieren receta y registrar que se presentó, sin bloquear la operación del cajero innecesariamente.

Alertas de bajo nivel de existencias: cuando un medicamento está por agotarse, necesitas saberlo antes de que se acabe, no cuando el cliente ya lleva dos semanas pidiéndotelo.

Registro de merma: los productos que caducan deben poder darse de baja formalmente en el sistema, con número de lote y fecha, para que el inventario refleje lo real y el reporte sea auditable.

Carga masiva de inventario: con 5,000-15,000 SKUs, necesitas poder importar y actualizar tu catálogo desde un archivo Excel; no agregar producto por producto.

Si tienes más de una sucursal, agrega un criterio más: trazabilidad de lote en traspasos entre sucursales. Cuando mueves medicamentos de una tienda a otra, el número de lote y la caducidad deben seguir al producto; no perderse en el camino.

Con esos criterios claros, puedes evaluar cualquier sistema honestamente. A continuación, una tabla comparativa con las opciones más mencionadas para farmacias en México:

Sistema | Lotes y caducidades | Lote en CFDI | Recetas médicas | Sistema en la nube | Precio aprox. | Para quién conviene
Pulpos | Sí (PEPS, masiva) | Sí (activable) | Sí | Sí | Ver precios → | Farmacias independientes en cualquier etapa, con 1 o más sucursales
Pharmacy Lite | Sí | Parcial | Sí | Sí | De pago | Farmacias especializadas con enfoque solo en farmacia
SICAR | Sí | No nativo | Limitado | No (local) | De pago | Negocios que ya usan sistemas heredados y no quieren migrar
Aspel CAJA | Parcial | Parcial | No nativo | No (local) | De pago | Negocios que ya usan Aspel y necesitan compatibilidad
Excel | Manual | No | No | No | Gratis | Farmacias muy pequeñas con volumen mínimo, no recomendado para operación regulada

Dos notas sobre esta tabla: los datos de sistemas de terceros corresponden a la información pública disponible en sus sitios y fichas técnicas; si estás en proceso de evaluación, verifica directamente con cada proveedor porque las funcionalidades cambian. Y sobre SICAR y Aspel: son opciones sólidas para negocios que ya trabajan con esos sistemas, pero su arquitectura es local (instalada en tu computadora), lo que implica que si el equipo falla, el riesgo de pérdida de información es mayor que en un sistema en la nube.

Con el control de inventario completo para farmacias integrado a tu punto de venta, Pulpos te permite gestionar el inventario de tu farmacia desde la misma pantalla donde haces las ventas, sin abrir otro programa.

¿Cómo resuelve Pulpos el control de inventario para farmacias independientes con 1 o 2 sucursales?

Los problemas que tiene una farmacia independiente con su inventario son los mismos en todas: los lotes no están vinculados a las ventas, las caducidades se detectan tarde, las recetas no quedan documentadas en el sistema, y cuando llega una auditoría, la información no está en un solo lugar.

Pulpos conecta todo eso desde el mismo punto de venta. Aquí están las funcionalidades específicas para farmacias:

Lotes y caducidades en cada producto

Si tienes medicamentos de los que no registras el lote al recibirlos, cada venta que haces es un movimiento no trazable. En Pulpos puedes registrar el número de lote y la fecha de caducidad en cada entrada de mercancía; ya sea de forma individual o de manera masiva desde un archivo Excel si tienes cientos de referencias. El sistema aplica PEPS automáticamente: cuando haces una venta, descuenta del lote más antiguo primero.

¿Quieres revisar cuándo vencen tus próximos lotes? Con Pulpos puedes consultar las existencias por lote en cualquier momento y configurar alertas de bajo nivel de existencias para que te avise antes de que se agote un producto. Para caducidades próximas, el reporte de inventario te permite identificar qué lotes están por vencer y actuar con tiempo.

Tip de Pulpos: Si tu farmacia recibe decenas de productos por semana, usa la carga masiva de lotes y caducidades para actualizar el inventario desde un archivo Excel. Así no tienes que agregar cada lote manualmente. Consulta cómo hacerlo paso a paso en nuestro centro de ayuda.

Número de lote en la factura CFDI

Si tu farmacia emite facturas y vendes medicamentos con lote registrado, cerrar la cadena de trazabilidad significa que el número de lote aparezca en el CFDI. En Pulpos puedes activar esa opción para que el sistema incluya automáticamente el número de lote en cada factura donde el producto tenga lote asignado.

Eso cierra el ciclo completo: el lote entra registrado, sale registrado en la venta, y queda documentado en el CFDI. Si COFEPRIS o el SAT te piden justificar un movimiento, tienes la trazabilidad completa en el sistema.

¿Quieres activar esta opción en tu cuenta? Consulta cómo activar la inclusión de lotes en facturas CFDI en nuestro centro de ayuda.

Recetas médicas en el punto de venta

Cuando un medicamento requiere receta, el cajero no puede venderlo sin registrar que se presentó. Si ese proceso no está en el sistema, depende de la memoria del empleado. En Pulpos puedes marcar qué productos requieren receta médica, y el sistema solicita la confirmación al momento de la venta.

¿Quieres configurar tus medicamentos con receta? Consulta cómo marcar productos con receta médica en Pulpos.

Traspasos entre sucursales con trazabilidad de lote

Si tienes dos farmacias y mueves medicamentos de una a otra, el lote y la caducidad viajan con el producto en el sistema. Con Pulpos, los traspasos entre sucursales conservan la información del lote: cuando el medicamento llega a la segunda sucursal, ya está registrado con su número de lote original. La trazabilidad no se interrumpe en el movimiento físico.

Pulpos tiene planes para cada etapa de tu negocio, desde el primero hasta cuando tengas varias sucursales.

→ Ver todos los planes y precios actualizados

¿Cómo configurar lotes y caducidades en Pulpos paso a paso?

Configurar el control de lotes y caducidades en Pulpos no requiere conocimientos técnicos. Aquí el proceso básico:

Activa la opción de lotes y caducidades en el producto: en la ficha de cada medicamento, activa el campo de lote y caducidad. Puedes hacerlo producto por producto o de forma masiva desde Excel.

Registra el lote al recibir mercancía: cuando entra un nuevo pedido del proveedor, registra la compra en Pulpos con el número de lote y la fecha de caducidad de cada producto. Ese movimiento actualiza el inventario automáticamente.

Configura alertas de bajo nivel de existencias: define el mínimo de unidades para cada producto. Cuando las existencias caigan por debajo de ese número, Pulpos te avisa para que hagas el pedido a tiempo.

Activa la inclusión de lote en facturas CFDI: si emites facturas, activa esta opción en la configuración de facturación para que el número de lote aparezca automáticamente en cada CFDI.

Configura los productos con receta médica: marca los medicamentos que requieren receta para que el sistema solicite confirmación al momento de la venta.

¿Quieres el detalle completo de cada paso? Consulta la guía completa de configuración de lotes y caducidades en nuestro centro de ayuda.

¿Cómo elegir el sistema de inventario correcto según el tamaño de tu farmacia?

No todas las farmacias tienen las mismas necesidades. El sistema correcto depende de cuántas sucursales tienes, cuántas referencias manejas y qué tan avanzado está tu proceso de facturación. Aquí un criterio de selección rápido:

Farmacia de 1 sucursal con hasta 3,000 SKUs: necesitas lotes, caducidades y recetas en el punto de venta. La facturación CFDI integrada es deseable pero puede ser gradual. Un sistema en la nube con configuración sencilla es suficiente para empezar.

Farmacia de 1 sucursal con 3,000-15,000 SKUs: además de lo anterior, necesitas carga masiva de inventario. Agregar o actualizar lotes de forma individual a esa escala no es viable. La importación desde Excel se vuelve indispensable.

Farmacia con 2 o más sucursales: todo lo anterior, más control de traspasos con trazabilidad de lote entre tiendas y reportes consolidados que te muestren el inventario de todas las sucursales desde un solo panel. La sincronización en tiempo real entre sucursales es la diferencia entre saber lo que tienes ahora y enterarte mañana.

También vale la pena considerar qué giro adicional tienes: algunas farmacias venden también artículos de cuidado personal, pañales o suplementos que no tienen número de lote ni caducidad regulada. Tu sistema debe poder manejar ambos tipos de producto sin que uno complique la gestión del otro.

Para evaluar Pulpos específicamente para tu farmacia, puedes consultar la guía de sistemas POS por giro de negocio en México o revisar directamente Pulpos para farmacias.

En resumen:

El inventario de farmacia requiere trazabilidad por lote desde la entrada hasta la venta; no solo saber cuántas unidades tienes, sino de qué lote es cada una.

PEPS y FEFO son los métodos de salida estándar en farmacia: garantizan que los productos más antiguos o los que vencen primero se vendan primero.

Un Excel captura lo que tú capturas; un sistema en la nube conecta cada venta con su lote, su caducidad y su factura en tiempo real.

La trazabilidad completa cierra el ciclo: lote registrado en la entrada, lote descontado en la venta, número de lote en el CFDI emitido.

Si tienes más de una sucursal, la trazabilidad de lote debe seguir al producto en los traspasos; no perderse en el movimiento físico.

Si ya sabes que necesitas un sistema que conecte el inventario, las ventas y la facturación de tu farmacia desde un solo lugar, conoce cómo Pulpos resuelve el control de inventario para farmacias y empieza con 14 días gratis, sin tarjeta.

¿Tienes preguntas sobre el inventario de tu farmacia que no encontraste aquí? Las siguientes preguntas frecuentes abordan las dudas más comunes de propietarios de farmacias en México.

Preguntas frecuentes sobre control de inventario en farmacias

¿Cómo controlo lotes y fechas de caducidad en el inventario de mi farmacia?

Necesitas un sistema que registre el número de lote y la fecha de caducidad al momento de recibir cada pedido del proveedor, y que descuente del lote correcto cada vez que haces una venta. Con Pulpos puedes registrar múltiples lotes por producto, asignar la fecha de caducidad a cada uno y el sistema aplica PEPS automáticamente para descontar siempre del lote más antiguo. Si necesitas revisar qué lotes tienes y cuándo vencen, el reporte de inventario te da esa información filtrable por producto.

¿Qué sistema me ayuda a cumplir con los requisitos de COFEPRIS en mi farmacia?

Para cumplir con los requisitos de COFEPRIS necesitas trazabilidad por lote (saber de qué lote salió cada unidad que vendiste), control de recetas médicas en el punto de venta, registro formal de merma y bajas de caducados, y capacidad de generar reportes de movimientos por producto y lote. Un sistema que integra estos elementos con la facturación CFDI cierra el ciclo de trazabilidad que la autoridad puede solicitar en una visita de verificación. Verifica siempre los requisitos vigentes en el portal oficial de COFEPRIS porque la regulación se actualiza.

¿Llevo mejor el inventario en Excel o en un sistema si tengo una farmacia?

Para una farmacia regulada, el Excel tiene una limitación estructural: no conecta cada venta con el lote del que salió el producto. Eso significa que aunque captures todos tus movimientos, no tienes trazabilidad por venta; y eso es lo que la regulación exige. Un sistema integrado al punto de venta descuenta el lote correcto automáticamente en cada transacción, sin depender de que el cajero lo registre manualmente. Para una farmacia con volumen de más de 30-40 ventas diarias y catálogo regulado, un sistema es la opción que protege tu operación.

¿El número de lote tiene que aparecer en la factura CFDI de mi farmacia?

No es un requisito universal obligatorio para todos los CFDI, pero sí es una práctica que cierra la cadena de trazabilidad entre la factura y el lote del medicamento vendido. Algunas farmacias lo incluyen como estándar operativo para facilitar auditorías y retiros de lote. Con Pulpos puedes activar la inclusión del número de lote en el CFDI de forma configurada, para que aparezca automáticamente cuando el producto tiene lote registrado.

¿Cómo registro la venta de medicamentos con receta en mi sistema de farmacia?

En Pulpos puedes marcar qué productos requieren receta médica en su ficha de configuración. Cuando el cajero intenta vender ese producto, el sistema solicita la confirmación de que se presentó la receta antes de completar la venta. Así el control no depende de la memoria del empleado sino del flujo del sistema. Para medicamentos del grupo de controlados que requieren receta especial, te recomendamos verificar los procedimientos específicos vigentes con COFEPRIS para tu tipo de establecimiento.

¿Funciona Pulpos si no tengo internet en mi farmacia?

Pulpos requiere conexión a internet para operar. No tiene modo sin conexión. Lo que sí garantiza es que tus datos están seguros en servidores en la nube: si tu computadora falla, no pierdes información, a diferencia de los sistemas instalados en disco. Para asegurar continuidad, la práctica recomendada es tener el hotspot de tu celular como respaldo de conexión en caso de que tu internet fijo falle.

Fuentes

INEGI DENUE — Farmacias en México 2024

NADRO — Farmacias independientes en México, diciembre 2024

IQVIA vía Expofac — Pérdidas por caducidad en farmacias

El Mostrador EP6 — Rosa Martínez, Pulpos (dato INEGI 43% PyMES inventario manual)

Xataka México — Medicamentos caducados en México