Cómo conectar tu farmacia en línea con tu tienda física (delivery + OTC)

Conectar tu farmacia física con un catálogo en línea significa que cada venta, ya sea en el mostrador o por WhatsApp, descuenta del mismo inventario en tiempo real. Solo aplica para medicamentos OTC (de venta libre); los controlados siguen su proceso presencial. Con un sistema integrado como la tienda en línea para farmacias de Pulpos, publicas tu catálogo OTC, recibes pedidos, controlas lotes y caducidades en ambos canales, y emites el CFDI automáticamente. Actualizado junio 2026.

En este artículo:

Lo primero: ¿qué puedes vender en línea en una farmacia?

El problema de tener dos canales sin sincronización

Cómo funciona un catálogo en línea conectado al inventario de tu farmacia

Productos con receta médica y controlados: cómo manejarlo en tu sistema

CFDI en pedidos en línea: facturación automática en cada canal

El canal de WhatsApp como complemento de tu tienda en línea

Cómo Pulpos conecta tu farmacia física con el canal en línea

En resumen

Preguntas frecuentes

Fuentes

¿Qué puedes vender en línea en una farmacia y qué está fuera de la mesa por regulación COFEPRIS?

Antes de configurar cualquier catálogo digital, hay una pregunta que tienes que resolver: ¿qué productos de tu farmacia puedes vender y entregar a domicilio legalmente en México?

La respuesta la define COFEPRIS. Y la regla es más clara de lo que parece.

OTC: sí aplica para venta en línea y delivery

Los medicamentos OTC (de venta libre, sin prescripción) son los que puedes publicar en tu catálogo en línea y despachar a domicilio sin restricciones adicionales. Aquí entran analgésicos, antiinflamatorios de venta libre, vitaminas, suplementos, productos de parafarmacia y una buena parte del catálogo de cualquier farmacia independiente. Para una farmacia con 3,000 a 4,000 SKUs en físico, el catálogo OTC susceptible de venta en línea puede representar una porción muy relevante de tu inventario.

Dato clave: Hay 62,538 farmacias en México según el INEGI DENUE 2024. El 71% de los consumidores mexicanos ya combina canales físicos y digitales al comprar, según AMVO 2026. Las farmacias independientes que aún no tienen canal en línea están perdiendo una parte de esa demanda frente a las cadenas que sí lo tienen. — Fuentes: INEGI DENUE 2024 / AMVO Estudio Venta Online 2026.

Controlados: solo proceso presencial, sin excepciones

Los medicamentos sujetos a control especial (estupefacientes, psicotrópicos y aquellos con receta médica obligatoria retenida) no pueden venderse ni entregarse por un canal digital sin el proceso presencial que exige la regulación vigente. Esto no lo define el sistema que uses: lo define COFEPRIS.

Tu catálogo en línea no los incluye. Y no porque el sistema no lo permita técnicamente, sino porque la venta a distancia de estos productos sin el proceso regulatorio correspondiente implica una infracción sanitaria. Sencillo: esos productos se siguen manejando en el mostrador, igual que siempre.

La oportunidad real está en tu catálogo OTC

Dicho esto, la oportunidad es concreta. Las farmacias digitales más grandes de México ya operan con 14,000 a 17,000 referencias en línea; tu farmacia independiente no necesita ese volumen para competir en tu zona. Necesita que lo que sí publiques esté sincronizado con tu inventario físico en tiempo real, con lotes visibles, caducidades bajo control y un proceso de entrega que el cliente entienda desde el primer clic.

Ahí está el problema que la mayoría de farmacias independientes no ha resuelto: no es el qué publicar, es el cómo hacer que los dos canales operen desde una sola fuente de verdad.

El problema de una farmacia con dos canales que no se hablan: qué pasa cuando el inventario físico y el en línea van por separado

Jorge Méndez tiene dos farmacias en Guadalajara y lleva siete años en el negocio. Cuando empezó a recibir pedidos por WhatsApp, lo resolvió de la forma más práctica que tenía a la mano: anotaba el pedido, checaba mentalmente si había existencia, confirmaba al cliente y mandaba al repartidor. Funcionó durante unas semanas.

Hasta que llegó el día en que confirmó un pedido de paracetamol de 500mg que ya había vendido en el mostrador diez minutos antes. Tuvo que llamar al cliente para cancelar. En su primer inventario físico con un sistema, detectó un faltante de $8,000 en medicamentos que no había podido rastrear por la desincronización entre canales.

El problema de fondo no es el WhatsApp ni la tienda en línea. Es que su inventario físico y su canal digital eran dos listas distintas que nadie actualizaba al mismo tiempo.

Por qué el inventario de farmacia es más crítico que en otras tiendas

En una tienda de ropa, vender por error una talla que no tienes genera una molestia. En una farmacia, puede generar algo peor: un paciente que no recibe el medicamento que necesita, una discrepancia en un inventario regulado y, dependiendo del producto, una inconsistencia que COFEPRIS puede detectar en una auditoría.

Aquí hay tres capas de complejidad que una farmacia tiene y otros giros no:

Lotes y caducidades: cada lote tiene fecha de vencimiento. Si vendes un lote en físico pero el sistema en línea sigue mostrándolo disponible, estás exponiendo existencias que ya salieron o que van a caducar antes de que el pedido llegue.

Control por SKU crítico: con 3,000 a 4,000 referencias activas, un faltante de inventario que no se detecta a tiempo se convierte en capital inmovilizado o en quiebre de existencias frente al paciente.

Registro sanitario en cada venta: ciertos productos requieren datos de lote en el CFDI para cumplir con las disposiciones fiscales y sanitarias. Si tu sistema no los conecta automáticamente, ese dato queda fuera de la factura.

La solución no es tener dos sistemas: uno para lo físico y otro para lo digital. La solución es tener uno solo que opera en ambos canales desde el mismo inventario. Así funciona cuando está bien configurado y es lo que este artículo te explica.

Cómo funciona un catálogo en línea conectado al inventario físico de tu farmacia en tiempo real

Un catálogo en línea conectado al inventario de tu farmacia no es una página web aparte que alguien actualiza a mano. Es la misma base de datos de tu sistema de punto de venta, visible para el cliente desde internet. Cada venta, ya sea en el mostrador o a través del catálogo, descuenta del mismo lugar. El stock que ves tú es el mismo que ve el cliente.

Así funciona el flujo de principio a fin:

1. Publicar productos OTC con existencia real y foto

Cada producto que agregues a tu inventario en el sistema puede aparecer o no en el catálogo en línea. Tú decides cuáles se publican. Para los OTC que sí quieres mostrar, el catálogo toma la foto, la descripción, el precio y las existencias directamente del sistema. No hay una carga paralela. Si el producto se agota en el mostrador, desaparece del catálogo en línea automáticamente.

Esto es lo que elimina el error que tuvo Jorge: no tienes que acordarte de actualizar nada. El sistema lo hace al momento del cobro.

2. Cómo llegan los pedidos en línea a tu farmacia

Cuando un cliente hace un pedido desde tu catálogo, el sistema lo recibe directamente. No llega a un correo que tienes que revisar ni a una hoja de cálculo aparte. El pedido aparece en tu panel de ventas junto con las ventas del mostrador. Desde ahí confirmas, preparas y despachas.

Si el cliente paga en línea con MercadoPago, el pago queda registrado en el sistema. Si paga contra entrega, también lo puedes registrar cuando el repartidor cierra la operación. En ambos casos, el CFDI se puede generar desde el mismo pedido sin abrir otro programa.

3. Delivery a domicilio: cómo configurar zonas y costos sin complicarte

El sistema te permite definir si ofreces entrega a domicilio, recogida en tienda, o las dos opciones. Para el delivery, configuras el costo por zona o por monto mínimo de compra. El cliente ve esas opciones en el catálogo y elige al momento de hacer el pedido. No hay llamadas para confirmar si llegan a su colonia: está todo especificado desde el inicio.

Para una farmacia con dos sucursales como la de Jorge, esto también significa que puedes definir desde qué punto despacha cada pedido según la dirección del cliente, sin tener que coordinar por WhatsApp entre encargados.

Lotes y caducidades: qué pasa con el control cuando vendes en dos canales simultáneamente

Este es el punto que más preocupa a los farmacéuticos propietarios cuando piensan en abrir el canal en línea, y con razón. Si tienes tres lotes distintos del mismo medicamento con fechas de caducidad diferentes, ¿cuál descuenta primero cuando llega un pedido en línea?

La respuesta depende de cómo tengas configurado el sistema. En Pulpos, cada producto con lotes y caducidades registrados descuenta según el criterio que establezcas (por lo general, el lote más próximo a vencer sale primero, que es la práctica FEFO). Eso aplica tanto para ventas en el mostrador como para pedidos del catálogo en línea: ambos acceden al mismo inventario, respetan el mismo orden de salida y dejan el mismo registro de qué lote salió, cuándo y por qué canal.

Tip de Pulpos: ¿Quieres configurar el control de lotes y caducidades en tu catálogo de farmacia? Consulta el paso a paso completo en nuestro centro de ayuda: Cómo configurar productos con lotes y caducidades.

El control de lotes en dos canales no añade trabajo doble. Lo que añade es trazabilidad: sabes exactamente qué lote fue a qué pedido, por qué canal y con qué fecha de caducidad.

Productos con prescripción médica y controlados en tu sistema POS: cómo separar lo que va en línea de lo que solo se vende en mostrador

Tu catálogo en línea y tu punto de venta físico comparten el mismo inventario, pero no todos los productos del inventario deben estar disponibles en el catálogo digital. En el sistema, puedes marcar individualmente qué productos requieren prescripción médica para su venta. Eso tiene dos efectos prácticos:

En el mostrador: cuando el cajero intenta registrar ese producto, el sistema le solicita confirmar que se presentó la prescripción médica. Queda anotado en la venta.

En el catálogo en línea: los productos marcados como sujetos a prescripción médica no se publican en el canal digital. El catálogo solo muestra lo que es OTC. El resto permanece solo disponible para venta presencial.

Los medicamentos controlados (estupefacientes y psicotrópicos) siguen su proceso regulatorio completo: receta retenida, libro de control, registro ante COFEPRIS. El sistema no reemplaza ese proceso: lo que hace es asegurarse de que esos productos no aparezcan donde no deben. Si quieres conocer los requisitos específicos para venta de medicamentos controlados, la referencia oficial es cofepris.gob.mx.

¿Quieres configurar qué productos de tu farmacia se venden con prescripción médica en Pulpos? Consulta el paso a paso en nuestro centro de ayuda: Cómo marcar que un producto se vende con receta médica.

Esta separación resuelve uno de los miedos más frecuentes de los farmacéuticos propietarios frente al canal en línea: que un producto controlado quede accesible para compra digital por error. Con la configuración correcta en el sistema, eso no pasa.

CFDI en pedidos en línea de farmacia: cómo se emite la factura y qué pasa con el IVA de los medicamentos

Una de las preguntas que más se repiten entre farmacéuticos propietarios que están evaluando abrir un canal en línea es esta: ¿tengo que facturar cada pedido de WhatsApp o del catálogo por separado?

Con un sistema integrado, no. El CFDI se genera desde el mismo pedido, en el mismo flujo que cualquier otra venta. No necesitas abrir otro programa ni volver a capturar los datos del cliente. Si el pedido llegó del catálogo y el cliente proporcionó su RFC, la factura se timbra automáticamente y le llega por correo.

IVA en medicamentos: qué aplica y qué no antes de configurar tu catálogo

Aquí hay una distinción importante que afecta directamente cómo configuras los precios de tu catálogo en línea. Los medicamentos del catálogo del SAT aplican IVA al 0%. Eso incluye la mayoría de los medicamentos de venta en farmacia.

Sin embargo, no todo lo que vendes en una farmacia es medicamento según el SAT. Los cosméticos, productos de higiene personal, suplementos alimenticios no clasificados como medicamento y artículos de parafarmacia aplican IVA al 16%. Confundir las dos categorías es un error fiscal que el SAT puede detectar en una revisión.

En el sistema, configuras la tasa de IVA de cada producto al darlo de alta. Cuando ese producto se vende, ya sea en el mostrador o desde el catálogo en línea, el CFDI refleja la tasa correcta automáticamente. No tienes que recalcular ni ajustar nada al momento de facturar.

El dato de lote y caducidad también puede incluirse en la factura. Si quieres activar esa opción para tus ventas de farmacia, el paso a paso está en nuestro centro de ayuda: Cómo activar la opción de incluir lotes y caducidades en las facturas.

El canal de WhatsApp en tu farmacia: cómo recibir pedidos y atender consultas OTC sin perder el control del inventario

El 92% de los usuarios de internet en México tiene WhatsApp según datos de Chatsell 2026. Para una farmacia independiente, eso significa que tu cliente más frecuente, el que llama para preguntar si tienes el medicamento antes de ir al mostrador, ya está en ese canal. La pregunta es si puedes atenderlo sin que esa atención se convierta en trabajo manual para ti.

El catálogo en línea de Pulpos envía los pedidos directamente a tu WhatsApp. Cuando el cliente navega tu tienda y completa el pedido, tú recibes la notificación con el detalle: productos, cantidades, dirección de entrega o modalidad de recogida. No hay un formulario separado ni una hoja de Excel para registrarlo. El pedido entra al sistema, descuenta el inventario y ya está listo para procesarse.

Para farmacias que quieren dar un paso más en la atención digital, Pulpos cuenta con un agente de ventas con inteligencia artificial que puede responder consultas sobre tu catálogo OTC disponible, ayudar al cliente a identificar el producto que busca y orientar el pedido, todo desde WhatsApp, las 24 horas. Esta funcionalidad está en beta, un período de prueba que iremos mejorando de la mano de tus comentarios.

Lo que no cambia con ninguna de estas herramientas: los medicamentos que requieren prescripción médica o proceso presencial no se atienden por este canal. El agente solo opera con lo que tienes publicado en el catálogo OTC.

Cómo Pulpos conecta tu farmacia física con el canal en línea desde un solo sistema

El inventario desincronizado, los pedidos de WhatsApp que no se registran, los lotes que avanzan en el mostrador pero no en el catálogo digital: todos son versiones del mismo problema. Pulpos los resuelve desde el mismo lugar donde ya registras tus ventas físicas.

Con la tienda en línea para farmacias de Pulpos, puedes:

Publicar tu catálogo OTC: con foto, descripción, precio y existencia real, tomados directamente del inventario del sistema.

Sincronizar ventas en tiempo real: cada venta en el mostrador o desde el catálogo descuenta del mismo inventario. No hay duplicados ni ventas de productos agotados.

Controlar lotes y caducidades en ambos canales: el sistema aplica el mismo criterio de salida (lote más próximo a vencer primero) sin importar si la venta es presencial o digital.

Separar OTC de controlados: los productos con prescripción médica obligatoria no se publican en el catálogo en línea. Solo aparece lo que el cliente puede comprar sin proceso presencial.

Emitir CFDI automáticamente: tanto para ventas físicas como para pedidos del catálogo, con la tasa de IVA correcta por producto.

Recibir pedidos por WhatsApp: integrados al sistema, sin captura manual, con el inventario ya descontado.

Cómo se ve el proceso en la práctica:

Das de alta tus productos OTC en el inventario con foto, precio, lote y caducidad.

Activas el catálogo en línea y defines qué productos se publican y cuáles no.

Configuras las opciones de entrega: domicilio, recogida en tienda o ambas.

El cliente navega tu catálogo, hace el pedido y paga (o elige pago contra entrega).

El pedido aparece en tu sistema. Preparas, despachas y emites el CFDI desde el mismo lugar.

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Si ya tienes tu farmacia registrada y quieres ver cómo funciona la tienda en línea con tu inventario real, conoce la solución de Pulpos para farmacias o prueba el sistema gratis durante 14 días sin tarjeta.

En resumen:

Solo los medicamentos OTC (de venta libre) aplican para venta en línea y delivery en México; los controlados y los que requieren prescripción médica obligatoria siguen su proceso presencial.

El error más común al abrir el canal en línea en una farmacia es manejar dos inventarios separados: uno para el mostrador y otro para el digital. La solución es que ambos canales descuenten del mismo sistema.

Los lotes y caducidades se controlan igual en el canal físico que en el digital: cada venta, sea en mostrador o desde el catálogo, respeta el mismo orden de salida y deja trazabilidad de qué lote fue a qué pedido.

El CFDI se emite automáticamente para cada pedido en línea, con la tasa de IVA correcta por producto: 0% para medicamentos del catálogo SAT, 16% para parafarmacia y cosméticos.

Abrir el canal en línea no significa más trabajo manual: significa que el trabajo que ya haces en el mostrador se extiende a un canal donde el cliente puede comprar sin depender de que tú estés disponible para atender la llamada.

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Preguntas frecuentes

¿Cómo controlo los lotes y las fechas de caducidad de mi farmacia cuando vendo en dos canales al mismo tiempo?

Con un sistema integrado como Pulpos, ambos canales acceden al mismo inventario. Cada venta, ya sea en el mostrador o desde el catálogo en línea, descuenta del mismo lote y deja el mismo registro de qué salió, cuándo y por qué canal. El sistema aplica el criterio de salida que configures (por lo general, el lote más próximo a vencer primero) sin que tengas que hacer nada adicional. El paso a paso de configuración está en el centro de ayuda de Pulpos.

¿Cómo manejo los productos que requieren prescripción médica en mi sistema POS de farmacia?

En Pulpos puedes marcar individualmente cada producto que requiere prescripción médica para su venta. Al marcarlos, el sistema solicita confirmación al momento del cobro en el mostrador y, automáticamente, esos productos no aparecen en tu catálogo en línea. Solo se publican en el canal digital los productos OTC que el cliente puede comprar sin proceso presencial.

¿Qué sistema me ayuda a cumplir con los requisitos de COFEPRIS en mi farmacia sin perder el control del inventario digital?

Pulpos resuelve el control de lotes y caducidades, el registro de ventas con prescripción médica, la emisión de CFDI con tasa de IVA correcta por producto y la trazabilidad de inventario en tiempo real entre canales. Para los requisitos regulatorios específicos de COFEPRIS (control de estupefacientes, psicotrópicos, libros de control), la referencia oficial es cofepris.gob.mx. El sistema se complementa con los procesos regulatorios, no los reemplaza.

¿Cuál es el mejor sistema POS para una farmacia independiente en México que quiere vender en línea?

El sistema que necesita una farmacia independiente con canal en línea debe cumplir con lo siguiente: control de lotes y caducidades integrado, separación automática de OTC y productos con prescripción médica obligatoria, catálogo en línea sincronizado con el inventario físico, emisión de CFDI con tasas de IVA diferenciadas por producto, y pedidos de WhatsApp integrados. Con Pulpos puedes operar todo eso desde un mismo sistema. Si quieres evaluarlo con tu inventario real, puedes empezar con 14 días de prueba gratis en Pulpos para farmacias.

¿Los medicamentos controlados se pueden incluir en el catálogo en línea de mi farmacia?

No. Los medicamentos sujetos a control especial (estupefacientes, psicotrópicos y aquellos con receta médica retenida obligatoria) no aplican para venta en línea sin el proceso presencial regulado por COFEPRIS. Tu catálogo digital solo debe incluir productos OTC. El sistema te permite configurar qué productos se publican en el canal en línea y cuáles permanecen exclusivamente para venta en mostrador.

Fuentes

INEGI — Censos Económicos 2024 (farmacias DENUE)

AMVO — Estudio de Venta Online 2026

Chatsell — WhatsApp Business: tendencias de ventas LATAM 2026

COFEPRIS — Comisión Federal para la Protección contra Riesgos Sanitarios