Mejor sistema de gestión para farmacia en México [2026]

El mejor sistema de gestión para una farmacia en México es el que integra punto de venta, control de lotes y fechas de caducidad, registro de recetas médicas y facturación CFDI 4.0 en una sola pantalla. Con Pulpos, puedes gestionar todo eso desde cualquier dispositivo con internet, con alertas automáticas de vencimiento y reportes por sucursal en tiempo real. Actualizado junio 2026.

En este artículo:

POS vs sistema de gestión integral: qué necesita realmente una farmacia

Los módulos que no pueden faltar en el sistema de tu farmacia

Los mejores sistemas de gestión para farmacia en México [2026]

Cómo gestionar lotes y fechas de caducidad en tu farmacia

Recetas médicas en el POS: cómo controlar la venta de medicamentos

Varias farmacias: cómo operar 2 o 3 sucursales desde una sola pantalla

Facturación CFDI en farmacias: lo que necesitas saber del IVA

Cómo Pulpos integra la gestión completa de tu farmacia en un solo sistema

¿Qué sistema elegir según el tamaño de tu farmacia?

En resumen

Preguntas frecuentes

Una farmacia no es una tienda común. Cada medicamento que vendes tiene número de lote, fecha de caducidad y en muchos casos requiere que el cliente presente una receta. Si tu sistema de punto de venta no puede registrar eso, no es un sistema de gestión para farmacia: es solo una caja registradora un poco más sofisticada.

En México hay más de 62,000 farmacias registradas según el INEGI DENUE 2024. La mayoría son independientes o cadenas pequeñas de 1 a 3 sucursales. Y según la INEGI ENAPROCE, casi la mitad de las empresas del sector comercio todavía llevan su inventario de forma manual. El costo de eso no siempre es visible, pero aparece en cada auditoría, en cada merma que no detectaste a tiempo y en cada venta que perdiste porque no sabías lo que tenías.

Jorge Méndez tiene dos farmacias en Guadalajara y lleva siete años operando. En su primer inventario físico con el sistema detectó un faltante de $8,000 en medicamentos controlados que no había podido rastrear antes. El problema no era descuido, era que su sistema anterior no registraba lotes por producto: cuando algo se vendía, el inventario bajaba, pero no había forma de saber qué lote salió ni cuándo vencía el que quedaba.

Ese es exactamente el tipo de problema que resuelve el sistema de gestión de inventario para farmacias de Pulpos: control de lotes, alertas de caducidad, registro de recetas y facturación integrada en una sola pantalla.

¿Cuál es la diferencia entre un POS básico y un sistema de gestión integral para una farmacia?

Un sistema de punto de venta básico registra lo que vendiste, suma el total y te da un ticket. Eso es suficiente para una tienda de ropa o una papelería. Para una farmacia, no alcanza.

Una farmacia tiene tres capas de complejidad que un POS sin gestión integral no puede manejar:

Control regulatorio: cada medicamento que entra y sale debe tener trazabilidad de lote y fecha de caducidad. En una auditoría, necesitas poder demostrar de qué lote salió cada pieza vendida.

Control de acceso restringido: algunos medicamentos solo se venden con receta médica. El sistema debe poder marcar esos productos y registrar la receta en la venta, no solo cobrarlos.

Control fiscal diferenciado: los medicamentos no tributan igual que otros productos. Solo los medicamentos incluidos en el catálogo SAT aplican IVA al 0%. El sistema tiene que manejar eso correctamente en cada factura.

Un POS básico te permite cobrar. Un sistema de gestión integral te permite operar una farmacia sin depender de hojas de cálculo, cuadernos o llamadas a la sucursal para saber qué tienes.

Si ya tienes un POS pero ninguno de esos tres puntos está resuelto, vale la pena revisar cuánto te está costando ese hueco operativo. Y si estás evaluando opciones para empezar bien desde el inicio, la diferencia entre los sistemas disponibles en México no es menor. Veamos cuáles son los módulos que tienes que verificar sí o sí.

¿Qué módulos no pueden faltar en el sistema de gestión de una farmacia?

Antes de comparar sistemas, necesitas saber qué buscar. Una farmacia tiene requerimientos que no todos los sistemas cubren por defecto. Aquí están los módulos que debes verificar antes de contratar cualquier opción:

Módulo | Qué resuelve | ¿Obligatorio? | En Pulpos
Control de lotes y caducidades | Trazabilidad de cada medicamento por lote y fecha de vencimiento. Alertas de próximos a vencer. | Sí (buena práctica operativa y regulatoria) | Disponible
Registro de recetas médicas | Marca productos que requieren receta y registra la venta con ese control. | Sí (para medicamentos de venta controlada) | Disponible
Inventario en tiempo real | Stock por sucursal actualizado en cada venta. Alertas de mínimos de existencia. | Sí | Disponible
Facturación CFDI 4.0 con IVA 0% según catálogo SAT | Facturas electrónicas para aseguradoras y clientes con RFC. Manejo correcto del IVA por producto. | Sí | Disponible
Cortes de caja | Cierre de turno con resumen de ventas, métodos de pago y comparativo con efectivo físico. | Sí (control diario) | Disponible
Gestión multi-sucursal | Control de 2 o más sucursales desde una sola cuenta. Traspasos, reportes consolidados, permisos por empleado. | Si tienes más de 1 sucursal | Disponible
Conciliaciones bancarias | Cruce automático de movimientos bancarios con ventas registradas. Elimina el Excel de fin de mes. | Recomendado para mayor control financiero | Complemento disponible
Portal de contadores | Tu contador accede a la información fiscal que necesita sin tocar tu operación diaria. | Recomendado | Disponible

Dato clave: Según el INEGI DENUE 2024, hay más de 62,000 farmacias registradas en México. El 47% de las empresas del comercio en el país todavía llevan su inventario de forma manual — incluyendo muchas farmacias independientes con catálogos de 5,000 a 15,000 medicamentos. — Fuente: INEGI ENAPROCE

Con esta tabla clara, ya sabes qué preguntar cuando evalúas cualquier sistema. Ahora veamos cuáles opciones existen realmente en el mercado mexicano.

Los mejores sistemas de gestión para farmacia en México

El mercado mexicano tiene opciones muy distintas entre sí: desde sistemas instalables en una PC local hasta plataformas en la nube que funcionan desde cualquier dispositivo con internet. La categoría correcta para tu farmacia depende de qué tan importante es para ti acceder desde varios puntos, actualizar el sistema sin llamar a un técnico y tener tus datos respaldados aunque la computadora falle.

Sistema | Tipo | Lotes y caducidades | Recetas médicas | CFDI 4.0 | Multi-sucursal | Precio aprox. | Para quién conviene
Pulpos | Nube | | | | | Ver precios → | Farmacias en cualquier etapa de crecimiento que quieren POS + inventario + facturación integrados sin instalar nada
SICAR | Local (instalado) | Sí | Sí | Sí (módulo aparte) | Limitado | De pago | Negocios con infraestructura de cómputo local y soporte técnico presencial disponible
Eleventa | Nube / Local | Parcial | No documentado | Sí | Sí | De pago | Negocios que ya usan Eleventa y buscan escalar sin migrar de sistema
Global Pharma System | Local especializado | Sí | Sí | Sí | Sí | Sin precio público | Farmacias con requerimientos de integración con distribuidoras mayoristas
VisorUS Pharma | ERP nube | Sí | Sí | Sí | Sí | Sin precio público | Empresas con necesidades de ERP completo: nómina, contabilidad, activos

Lo que distingue a los sistemas en la nube de los instalados no es solo el acceso remoto. Es que tus datos viven en servidores, no en la PC de tu mostrador. Si esa computadora falla, en un sistema local puedes perder todo. En un sistema en la nube, tus datos están respaldados y puedes seguir operando desde cualquier otro dispositivo en cuanto tengas conexión.

La pregunta que debes responderte antes de elegir es esta: ¿cuánto me costaría que mi sistema fallara en la hora pico de un sábado? Si la respuesta te preocupa, el tipo de arquitectura del sistema importa tanto como sus funcionalidades.

¿Cómo controlar los lotes y fechas de caducidad en el inventario de una farmacia con un sistema POS?

El control de lotes en una farmacia no es opcional: es la diferencia entre poder rastrear un medicamento que tuvo problema y no poder demostrarlo en una revisión. Cada medicamento que entra a tu farmacia tiene un lote de fabricante y una fecha de vencimiento. Si tu sistema no los registra al momento de la compra al proveedor, ya empezaste con un hueco en la trazabilidad.

El problema más común no es el medicamento que ya está vencido en el anaquel, sino el que va a vencer en 30 días y nadie lo sabe porque el inventario no tiene alertas. Cuando te das cuenta, ya perdiste la oportunidad de devolverlo al proveedor o de priorizarlo en ventas.

Con Pulpos, puedes registrar lotes y fechas de caducidad en cada entrada de mercancía desde tu proveedor. El sistema lleva el control de qué lote tienes disponible, cuántas piezas quedan de cada uno y cuándo vencen. Cuando haces una venta, el sistema descuenta del lote más próximo a vencer primero, lo que reduce la merma por caducidad de forma automática.

¿Quieres ver el paso a paso completo para configurar lotes y caducidades en Pulpos? Consulta la guía completa en nuestro centro de ayuda: cómo configurar productos con lotes y caducidades.

Tip de Pulpos: En Pulpos también puedes activar que el número de lote aparezca impreso en la factura CFDI, lo que es útil cuando facturas a aseguradoras o clientes que necesitan esa información en el comprobante.

¿Cómo registrar la venta de medicamentos con receta médica en el sistema de punto de venta de una farmacia?

Hay medicamentos que cualquier cliente puede comprar sin más trámite (los llamados de venta libre u OTC), y hay medicamentos que legalmente solo pueden venderse si el cliente presenta una receta médica. Tu sistema tiene que poder marcar esa diferencia, no solo para el proceso de venta sino para el registro y la trazabilidad de cada pieza.

Si el cajero puede vender cualquier medicamento sin que el sistema le pida confirmar si tiene receta o no, ese control depende completamente de la memoria de la persona. En una auditoría, esa respuesta no es suficiente.

Con Pulpos, puedes marcar cada medicamento que requiere receta directamente en el catálogo del producto. Cuando ese medicamento se agrega a una venta, el sistema lo indica y el cajero debe confirmar que el cliente presentó la receta antes de completar el cobro. El registro queda en la venta.

¿Quieres configurar tus medicamentos con receta médica en Pulpos? Consulta el paso a paso en el centro de ayuda: cómo marcar que un producto se vende con receta médica.

Varias farmacias: ¿cómo controlar 2 o 3 sucursales desde una sola pantalla sin perder el inventario?

Cuando tienes una sola farmacia, puedes estar ahí todos los días y saber más o menos qué pasa. Cuando tienes dos, ya dependes de lo que te dicen por teléfono. Y la información que llega por teléfono siempre tiene un margen de error.

Jorge Méndez, con dos farmacias en Guadalajara, lo resolvió de una forma que hoy suena obvia pero no lo era: un sistema que le muestra el inventario de ambas sucursales en tiempo real, desde cualquier dispositivo, sin tener que llamar a nadie.

Con Pulpos, cada sucursal opera con su propio inventario, sus propios cortes de caja y sus propios empleados con accesos configurados por rol. Tú ves todo desde una sola cuenta: reportes consolidados, traspasos entre sucursales registrados con estado, y la posibilidad de mover mercancía de una a otra cuando el inventario de una se agota y la otra tiene existencias.

¿Quieres configurar tus sucursales en Pulpos? Consulta la guía en el centro de ayuda: cómo crear sucursales y almacenes.

Si te interesa conocer más sobre los sistemas POS con multi-sucursal y roles de usuario, tenemos un artículo dedicado a ese tema.

Facturación CFDI en farmacias: ¿todos los medicamentos tienen IVA al 0%?

Esta es una de las dudas más frecuentes de los propietarios de farmacia que empiezan a usar un sistema con facturación integrada. La respuesta corta es: no, no todos los medicamentos tienen IVA al 0%.

El IVA al 0% aplica exclusivamente a los medicamentos que están incluidos en el catálogo de productos y servicios del SAT con esa tasa. Los medicamentos de venta libre que no están en ese catálogo pueden tener tasa del 16%. Artículos como vitaminas, suplementos, cosméticos y productos de cuidado personal que se venden en farmacias no son medicamentos según el catálogo SAT y tributan al 16%.

Tu sistema tiene que poder configurar la tasa de IVA correcta por producto, no aplicar una tasa genérica a todo lo que vendes. Si tu sistema no puede hacer eso, estás facturando incorrectamente y eso tiene consecuencias con el SAT.

En Pulpos, cada producto tiene configurada su tasa de impuesto. Cuando haces una venta y emites el CFDI 4.0, el sistema aplica automáticamente la tasa correspondiente a cada producto en la factura. Si facturas a aseguradoras que requieren el desglose por lote en el comprobante, también puedes activar esa opción. Para más detalles sobre facturación CFDI, puedes revisar el artículo completo sobre el mejor sistema para gestionar un negocio pequeño en México.

Cómo Pulpos integra la gestión completa de tu farmacia en un solo sistema

Los problemas que tiene una farmacia no son independientes entre sí. Un medicamento que se vende sin registrar el lote es también un hueco en la facturación. Un inventario que no cuadra entre sucursales es también un problema de reportes. Un sistema que no factura CFDI integrado es también horas de trabajo extra para tu contador cada mes.

Pulpos resuelve todo eso en una sola plataforma. Aquí están las funcionalidades específicas que más usan las farmacias que trabajan con Pulpos:

Control de lotes y caducidades: registra lotes en cada entrada de mercancía, activa alertas de vencimiento y descuenta automáticamente del lote más próximo a vencer en cada venta.

Registro de recetas médicas: marca los productos que requieren receta en el catálogo y el sistema lo solicita al momento del cobro.

Facturación CFDI 4.0 integrada al POS: la factura sale directo desde la venta, con la tasa de IVA correcta por producto y con opción de incluir el número de lote en el comprobante.

Cortes de caja por sucursal: cierra cada turno con un resumen de ventas, métodos de pago y comparativo con el efectivo físico. Detecta diferencias antes de que se conviertan en un problema.

Gestión multi-sucursal: cada sucursal con su propio inventario, reportes consolidados y traspasos registrados entre ubicaciones.

Portal de clientes (acceso para tu contador): tu contador entra con su propio acceso a la información fiscal que necesita, sin ver ni tocar tu operación diaria.

Cómo se ve en la práctica:

Registras la compra al proveedor con número de lote y fecha de caducidad para cada medicamento.

Cuando se hace una venta, el sistema descuenta del lote correcto y genera el ticket o la factura con los datos integrados.

Al cierre del día, haces el corte de caja desde el sistema y ves si los números cuadran con el efectivo físico.

Desde cualquier dispositivo con internet, puedes ver el estado de inventario de cada sucursal y generar reportes consolidados.

Pulpos tiene planes para cada etapa de tu negocio, desde el primero hasta cuando tengas varias sucursales.

→ Ver todos los planes y precios actualizados

¿Qué sistema elegir según el tamaño de tu farmacia?

El sistema correcto depende de tu situación actual y de hacia dónde vas. Aquí tienes los criterios prácticos para decidir:

Farmacia con 1 sucursal que está creciendo

Si tienes una sola farmacia pero quieres ordenar tu operación antes de abrir la segunda, prioriza un sistema que tenga control de lotes y caducidades, facturación CFDI integrada y cortes de caja desde el inicio. Arrancar con esa base operativa significa que cuando abras tu segunda sucursal, no tendrás que migrar a un sistema diferente: solo activas la funcionalidad multi-sucursal en el mismo sistema.

Con Pulpos para farmacias, puedes empezar con las funcionalidades que necesitas hoy y escalar sin cambiar de sistema cuando crezcas.

Farmacia con 2 o 3 sucursales en operación

Si ya tienes varias sucursales, el problema central no es si el sistema puede facturar: es si te da visibilidad consolidada de las dos o tres ubicaciones sin que tengas que llamar a cada encargado para saber qué tienes. Verifica que el sistema te permita ver el inventario de todas las sucursales desde una sola cuenta, registrar traspasos entre ellas y asignar permisos distintos por empleado.

La migración desde un sistema anterior depende de qué tan organizada está tu información antes de empezar. Si tienes tu catálogo en Excel, el proceso es más rápido. Si llevas el inventario en cuaderno, tomará más tiempo organizar los datos primero. Lo que sí es cierto es que migrar mientras el negocio sigue operando es perfectamente posible: el equipo de Pulpos te acompaña en el proceso.

Para explorar más opciones de sistemas POS para distintos tipos de negocio en México, puedes consultar nuestra guía del mejor POS por giro de negocio y el artículo sobre los mejores puntos de venta para farmacia, que complementa lo que vimos aquí desde el ángulo específico del POS.

En resumen:

Un sistema de gestión para farmacia debe ir más allá del cobro: necesita control de lotes y caducidades, registro de recetas médicas y facturación CFDI 4.0 integrada al punto de venta.

El IVA al 0% aplica solo a medicamentos del catálogo SAT, no a todos los productos de una farmacia. Tu sistema debe manejar la tasa correcta por producto.

Para farmacias con 2 o más sucursales, la visibilidad consolidada de inventario en tiempo real es tan importante como las funcionalidades de punto de venta.

Los sistemas en la nube tienen una ventaja operativa clara frente a los instalados: si la computadora falla, tus datos están respaldados y puedes seguir operando desde otro dispositivo.

Pulpos integra POS, inventario con lotes, recetas médicas, facturación CFDI y multi-sucursal en una sola plataforma, sin instalar nada y accesible desde cualquier dispositivo con internet.

Si quieres ver cómo funciona Pulpos en tu farmacia sin comprometerte, tienes 14 días de prueba gratis, sin tarjeta de crédito. Prueba Pulpos gratis 14 días y configura lotes, recetas y facturación desde el primer día.

Preguntas frecuentes sobre sistemas de gestión para farmacia

¿Qué sistema de gestión se usa en farmacias en México?

Las farmacias en México usan principalmente dos tipos de sistema: instalados en una PC local (como SICAR en su versión clásica) y sistemas en la nube que funcionan desde cualquier dispositivo con internet (como Pulpos, Eleventa o alternativas especializadas en farmacia). Los sistemas en la nube tienen la ventaja de que tus datos están respaldados aunque falle la computadora, y puedes consultar el inventario de varias sucursales desde cualquier lugar. Para una farmacia con necesidades de control de lotes, recetas médicas, facturación CFDI y multi-sucursal, un sistema integral como Pulpos cubre todo desde una sola plataforma.

¿Qué software me recomiendan para administrar mi farmacia en México?

El sistema que elijas para tu farmacia debe cubrir al menos cinco criterios: control de lotes y fechas de caducidad, registro de medicamentos con receta, facturación CFDI 4.0 con manejo correcto del IVA por producto, cortes de caja y, si tienes más de una sucursal, gestión multi-sucursal en tiempo real. Pulpos cubre todos esos criterios en una sola plataforma en la nube, sin instalación y con prueba gratis de 14 días.

¿Qué sistema me ayuda a cumplir con los requisitos de control regulatorio en mi farmacia?

Para cumplir con las buenas prácticas de control en una farmacia, necesitas un sistema que pueda registrar el número de lote y la fecha de caducidad de cada medicamento al momento de la entrada de mercancía, y que descuente por lote en cada venta. También necesitas poder marcar los productos que requieren receta médica y registrar ese control en la venta. Pulpos tiene ambas funcionalidades disponibles y te permite generar reportes de trazabilidad por lote cuando lo necesitas.

¿Pulpos funciona sin internet en una farmacia?

Pulpos es un sistema en la nube que requiere conexión a internet para operar. Esto significa que si tu internet falla, el sistema no funciona hasta que la conexión se restablece. La ventaja de ser un sistema en la nube es que tus datos están respaldados en servidores: si la computadora del mostrador falla, no pierdes nada y puedes continuar desde otro dispositivo en cuanto tengas conexión. Para zonas con internet inestable, la recomendación práctica es tener el hotspot del celular disponible como respaldo de conexión.

¿Todos los medicamentos en una farmacia tienen IVA al 0%?

No. Solo los medicamentos incluidos en el catálogo de productos y servicios del SAT con tasa del 0% aplican esa tasa. Los suplementos, vitaminas, cosméticos y otros productos que se venden en farmacias pero no son medicamentos según la clasificación del SAT tributan al 16%. Tu sistema debe poder configurar la tasa correcta por producto para facturar correctamente en cada venta.

¿Puedo usar Pulpos en varias farmacias al mismo tiempo?

Sí. Pulpos tiene funcionalidad de gestión multi-sucursal que te permite operar 2 o más farmacias desde una sola cuenta. Cada sucursal maneja su propio inventario, sus propios cortes de caja y sus propios empleados con accesos configurados por rol. Tú puedes ver el inventario consolidado de todas las sucursales, registrar traspasos entre ellas y generar reportes por sucursal o globales desde cualquier dispositivo con internet.

¿Cuánto cuesta un sistema de gestión para farmacia en México?

El costo varía según el sistema y el tipo de funcionalidades incluidas. Los sistemas instalados localmente suelen tener un costo de licencia único más mantenimiento anual; los sistemas en la nube funcionan por suscripción mensual o anual. Pulpos tiene planes que se adaptan a distintas etapas del negocio, desde una sola farmacia hasta varias sucursales. Puedes consultar todos los planes y precios actualizados en pulpos.com/precios.

Fuentes

INEGI DENUE 2024 — Total de farmacias registradas en México

INEGI Censos Económicos 2024

INEGI ENAPROCE — Encuesta Nacional sobre Productividad y Competitividad de las Micro, Pequeñas y Medianas Empresas