Mejor sistema de punto de venta para farmacia en México [2026]

Para elegir el mejor sistema de punto de venta para tu farmacia en México, necesitas uno que controle lotes y caducidades automáticamente, registre recetas médicas y antibióticos conforme al Acuerdo 2010 de COFEPRIS, y timbre CFDI 4.0 con IEPS integrado en cada venta, sin depender de un portal de facturación aparte. Con Pulpos, tu farmacia opera con control de inventario farmacéutico, facturación electrónica y corte de caja desde un solo sistema. Actualizado en 2026.

En este artículo:

Las 55,921 farmacias en México y lo que necesita la independiente

Qué funciones mínimas necesita el POS de una farmacia independiente

Cómo controlar lotes, caducidades y el método PEPS

Cómo facturar con CFDI 4.0 e IEPS automático

Cómo registrar recetas médicas y antibióticos en el POS

Cómo manejar varias farmacias desde un solo sistema

Comparativa de sistemas y precios para farmacia en México

Cómo configurar Pulpos para tu farmacia hoy

Fuentes

Las 55,921 farmacias en México y lo que necesita la independiente

México tiene 55,921 farmacias registradas ante COFEPRIS, según el Directorio de Establecimientos Farmacéuticos 2024. De ese total, menos del 30% pertenece a las grandes cadenas (Farmacias del Ahorro, Farmacias Guadalajara, Benavides). El resto, más de 39,000 farmacias, son negocios independientes o pequeñas cadenas regionales que compiten sin el respaldo tecnológico ni el poder de negociación de las grandes.

Para esas farmacias independientes, elegir el sistema de punto de venta equivocado puede significar multas de COFEPRIS por no llevar el registro de antibióticos correctamente, pérdidas por vender producto caducado que no detectaste en el inventario, o problemas fiscales por timbrar CFDI sin IEPS cuando el SAT lo exige.

Este artículo explica qué necesita realmente el POS de una farmacia independiente en México, cómo evaluar las opciones disponibles, y por qué la mayoría de los sistemas genéricos, incluso los populares, no cubren los requerimientos regulatorios del sector farmacéutico.

Qué funciones mínimas necesita el POS de una farmacia independiente

Un POS genérico registra ventas. Un POS para farmacia tiene que hacer eso y además cumplir con regulaciones que no aplican a otros giros. Estas son las funciones que no pueden faltar:

1. Control de lotes y caducidades con alertas automáticas

Cada medicamento en tu inventario tiene número de lote y fecha de caducidad. El sistema debe registrarlos al recibir mercancía y alertarte cuando un producto esté próximo a caducar, idealmente con 30, 60 y 90 días de anticipación, configurable por categoría.

Sin este control, vendes producto caducado sin saberlo, lo que puede derivar en responsabilidad legal ante COFEPRIS y daño reputacional difícil de recuperar en una comunidad pequeña.

2. Método PEPS (Primeras Entradas, Primeras Salidas)

PEPS garantiza que el inventario más antiguo (el que caduca primero) se venda antes que el reciente. El sistema debe aplicarlo automáticamente al momento de registrar una venta, sin que el cajero tenga que decidir qué lote despachar.

3. Registro de recetas médicas y control de antibióticos

El Acuerdo por el que se determinan los lineamientos a los que estará sujeta la venta y dispensación de antibióticos, publicado en el Diario Oficial de la Federación el 27 de mayo de 2010, obliga a las farmacias a llevar un registro inalterable (manual o electrónico) de cada salida de estos medicamentos. Al momento de realizar la venta, el establecimiento debe registrar obligatoriamente: la fecha de dispensación, los datos del médico que prescribe (nombre completo, cédula profesional y domicilio), los detalles del medicamento (denominación genérica/distintiva, presentación completa y cantidad vendida) y el saldo o existencia restante. El POS debe capturar esos datos directamente en el punto de venta y guardarlos para auditorías.

4. Facturación CFDI 4.0 con IEPS integrado

Muchos medicamentos (especialmente los de patente) causan IEPS (Impuesto Especial sobre Producción y Servicios). El SAT exige que el CFDI 4.0 desglose IEPS cuando aplica. Si tu POS no calcula y timbra IEPS automáticamente, tienes dos opciones: hacerlo a mano (propenso a errores) o usar un portal de facturación aparte (proceso engorroso y tardado).

5. Catálogo de productos con claves SAT para medicamentos

El SAT tiene claves específicas para medicamentos en el catálogo de productos y servicios del CFDI. Un POS para farmacia debe incluir esas claves o permitirte asignarlas fácilmente al dar de alta un producto, para que el CFDI se timbre correctamente desde el inicio.

6. Corte de caja y reportes de ventas por turno

Si tu farmacia opera en turnos (mañana y tarde, por ejemplo), el POS debe permitir cortes de caja por turno, no solo al final del día. Eso facilita el control de efectivo por cajero y detecta discrepancias en tiempo real.

Cómo controlar lotes, caducidades y el método PEPS en tu farmacia

El flujo correcto en un POS farmacéutico funciona así:

Recepción de mercancía: Al registrar una entrada de inventario, el sistema te pide número de lote, fecha de caducidad y cantidad recibida. Cada presentación del mismo medicamento puede tener lotes diferentes.

Asignación PEPS automática: Cuando el cajero registra una venta, el sistema selecciona automáticamente el lote de menor fecha de caducidad (el más antiguo) para descontarlo del inventario.

Alertas de caducidad: El sistema genera alertas cuando un lote está próximo a caducar (configurables a 30, 60 o 90 días) para que puedas liquidarlo con descuento o devolverlo al proveedor antes de que venza.

Reportes de inventario por lote: En cualquier momento puedes ver cuántas unidades tienes de cada lote, su fecha de caducidad y su valor en inventario.

Pulpos maneja lotes y caducidades con PEPS desde el módulo de inventario. Al recibir mercancía, capturas el lote y la fecha; el sistema hace el resto en cada venta.

Cómo facturar con CFDI 4.0 e IEPS automático en una farmacia

El IEPS en medicamentos tiene una particularidad: solo aplica a medicamentos alopáticos de patente, no a genéricos ni a medicamentos homeopáticos. Eso significa que tu catálogo de productos debe tener correctamente configurado qué artículos causan IEPS y a qué tasa.

El flujo correcto para facturar en una farmacia con Pulpos:

Configuración inicial: Al dar de alta cada producto, marcas si causa IEPS y a qué tasa (actualmente 0% para la mayoría de medicamentos de patente, pero puede variar según el tipo). Pulpos tiene el catálogo de claves SAT para medicamentos precargado.

Venta: El cajero registra los productos normalmente. El sistema calcula automáticamente IVA e IEPS según la configuración de cada producto.

Timbrado: Al generar el CFDI 4.0, Pulpos incluye el desglose de IEPS en el XML, cumpliendo con los requisitos del SAT. El cliente recibe su factura timbrada en segundos.

Reporte fiscal: Al cierre del mes, tienes el reporte de IEPS desglosado para tu declaración.

Si hoy tu farmacia usa un POS genérico sin IEPS integrado y facturas aparte, este flujo te va a ahorrar entre 10 y 30 minutos por cada factura que generas manualmente.

Cómo registrar recetas médicas y antibióticos en el POS conforme al Acuerdo 2010

El Acuerdo de COFEPRIS de 2010 establece que para la venta y dispensación de antibióticos al menudeo, las farmacias deben registrar de manera consecutiva las salidas de estos medicamentos en un libro de control (ya sea manual o electrónico). Respecto al manejo de las recetas y los datos obligatorios, la normativa señala lo siguiente:

Retención condicionada: La receta original no se retiene de forma obligatoria en la primera venta, a menos que se surta el tratamiento completo. En surtidos parciales, la farmacia debe sellar la receta física indicando la cantidad entregada y la fecha, devolviendo el documento original al paciente. La receta solo se retiene de manera definitiva al surtirse la última unidad prescrita.

Datos obligatorios en el registro (Libro de Control): Para cada salida, se deben asentar los siguientes datos mínimos en el registro :

Fecha de salida o dispensación.

Denominación genérica y/o distintiva, presentación completa y número de lote del antibiótico.

Cantidad dispensada o vendida.

Nombre completo, número de cédula profesional y domicilio del médico prescriptor. (Nota: Si la receta es físicamente retenida al completarse el tratamiento, la farmacia puede omitir registrar el nombre, la cédula y la dirección del médico en el libro, siempre y cuando asigne un número de folio consecutivo interno que correlacione directamente el registro con la receta física archivada).

Datos no obligatorios en el registro: El nombre del paciente y la firma del dispensador en el sistema no son columnas obligatorias para el reporte del Libro de Control exigido por COFEPRIS (aunque el nombre del paciente sí sea un requisito obligatorio impreso en la receta física).

El punto de venta (POS) debe facilitar la gestión de este inventario controlado y la emisión de reportes sin entorpecer el flujo de trabajo de la farmacia, evitando que el cajero dependa de procesos de doble anotación manual.

Con Pulpos, puedes configurar cada producto antibiótico desde tu catálogo marcando la opción «Requerir receta médica para su venta» y, de ser necesario, activar el control de «Lotes y Caducidades». Esto te permite llevar un control riguroso de las ventas bajo prescripción médica directamente en el sistema y, al finalizar la jornada, exportar de manera automática el Reporte de ventas con antibióticos para cumplir de manera ágil y digital con las inspecciones sanitarias de la COFEPRIS.

Cómo manejar varias farmacias desde un solo sistema

Si tienes más de una farmacia (o planeas abrir una segunda sucursal) el POS que eliges hoy va a determinar cuánto trabajo extra generas cuando escales.

Lo que necesitas para operar multi-sucursal sin perder control:

Inventario independiente por sucursal: Cada farmacia tiene su propio stock. Un medicamento que se acaba en la sucursal 1 no puede venderse desde la sucursal 2 sin un traspaso formal.

Traspasos entre sucursales: El sistema debe registrar traspasos de inventario entre sucursales con folio propio, para que el inventario de ambas esté siempre actualizado y puedas rastrear movimientos.

Reportes consolidados: Puedes ver el desempeño de todas tus farmacias en un solo reporte: ventas totales, inventario agregado, cortes de caja por sucursal.

Acceso centralizado: Un solo login para todas las sucursales, con permisos diferenciados por rol (dueño ve todo; cajero solo ve su sucursal).

Pulpos soporta multi-sucursal desde el plan Avanzado ($389MXN + IVA por mes, anual). Cada sucursal tiene su propio POS, su inventario independiente y su corte de caja; tú ves todo consolidado desde el dashboard central.

Comparativa de sistemas POS para farmacia en México

Estos son los sistemas que las farmacias independientes en México evalúan con más frecuencia, con sus características relevantes para el giro:

Sistema | Control lotes/caducidades | IEPS integrado | Registro antibióticos | Multi-sucursal | Precio base
Pulpos | Sí, con PEPS y alertas | Sí, en factura | Sí, en flujo de venta | Desde plan Avanzado | Desde $16 MXN por mes
Aspel CAJA | Parcial (sin alertas automáticas) | Sí | No nativo | Con módulo adicional | Licencia + mantenimiento
Sistema Nomad | Sí | Sí | Sí | Sí | Cotización
Bind ERP | Sí | Sí | No nativo | Sí | Desde $799 MXN por mes
Square | No | No | No | Sí | Desde $0 (+ comisión)

Nota: los precios y características de terceros pueden cambiar. Verificar directamente con cada proveedor.

Square y sistemas de pago genéricos quedan fuera de consideración para farmacias en México desde el inicio: no tienen control de lotes ni IEPS ni registro de recetas. Son sistemas de retail general que no fueron diseñados para cumplir con la regulación farmacéutica mexicana.

Cómo configurar Pulpos para tu farmacia hoy

Pulpos tiene una prueba gratuita de 14 días sin necesidad de tarjeta de crédito. Estos son los pasos para tener tu farmacia operando correctamente desde el día uno:

Crea tu cuenta en pulpos.com e inicia la prueba gratuita.

Configura tu catálogo: Da de alta tus productos con clave SAT, unidad de medida, si causan IEPS y si son antibióticos sujetos al Acuerdo 2010.

Registra tu primer inventario: Captura las entradas con número de lote y fecha de caducidad. El sistema activa PEPS automáticamente.

Configura tu PAC: Conecta Pulpos con tu Proveedor Autorizado de Certificación para que el timbrado de CFDI 4.0 funcione desde el primer día.

Entrena a tu equipo: El flujo de venta en Pulpos está diseñado para cajeros sin experiencia previa en ERP. La curva de aprendizaje típica es de 1-2 días.

Si tienes dudas sobre la configuración para farmacias, el equipo de soporte de Pulpos puede guiarte en la configuración inicial sin costo adicional.

Preguntas frecuentes sobre POS para farmacias en México

¿Qué POS usan las farmacias independientes en México?

Las farmacias independientes en México usan una combinación de sistemas: algunos optaron por soluciones específicas para el sector farmacéutico como Sistema Nomad; otros usan ERP generales como Aspel CAJA o Bind ERP con configuraciones adicionales. Pulpos es una opción más reciente que combina POS, inventario con lotes y caducidades, y facturación CFDI 4.0 con IEPS en una plataforma cloud sin necesidad de instalar software local.

¿El POS de mi farmacia necesita registrar antibióticos obligatoriamente?

Sí. El Acuerdo publicado en el DOF el 27 de mayo de 2010 obliga a todas las farmacias en México, incluyendo las independientes, a registrar obligatoriamente: la fecha de dispensación, los datos del médico que prescribe (nombre completo, cédula profesional y domicilio), los detalles del medicamento (denominación genérica/distintiva, presentación completa y cantidad vendida) y el saldo o existencia restante. COFEPRIS puede solicitar ese registro en cualquier visita de inspección. Si tu POS actual no tiene esta función, la estás llevando manualmente en papel o en Excel, lo que aumenta el riesgo de errores y pérdida de información.

¿Pulpos sirve para farmacias con más de una sucursal?

Sí. Pulpos soporta multi-sucursal desde el plan Avanzado. Cada sucursal tiene su propio inventario, su POS y su corte de caja; el dueño puede ver todo consolidado desde un dashboard central. Los traspasos de inventario entre sucursales quedan registrados con folio propio.

¿Pulpos factura con IEPS para medicamentos de patente?

Sí. Pulpos genera CFDI 4.0 con desglose de IEPS cuando el producto está configurado para causarlo. Al dar de alta cada medicamento de patente, marcas si causa IEPS y a qué tasa; el sistema lo calcula y timbra automáticamente en cada venta.

Fuentes:

https://blog.clip.mx/articulo/punto-de-venta-para-farmacia

https://www.pharmacylite.mx/index.php?section=blog&sub=sistema_especializado_vs_sistema_generico

https://www.bisoft.mx/blog-bisoft/por-que-un-sistema-especializado-en-farmacias-funciona-mejor-que-uno-generico

https://www.sicar.mx/sistema-para-farmacias-punto-de-venta

https://www.milenio.com/negocios/cadenas-de-farmacias-acaparan-el-mercado

https://www.ilaphar.org/un-panorama-general-de-la-atencion-farmaceutica-en-mexico/

https://pulpos.com/blog/cuantas-farmacias-mexico/

https://www.gob.mx/cms/uploads/attachment/file/310791/Gu_a_Dispensaci_n_de_Antibioticos.pdf

https://www.bisoft.mx/blog-bisoft/cumple-cofepris-evita-multas-aumenta-trazabilidad-farmacia

https://blog.mysuitemex.com/2026/03/10/multas-sanciones-y-discrepancias-riesgos-cfdi-declaraciones-sat-analitica-fiscal/

https://www.eleconomista.com.mx/empresas/consultorios-adyacentes-farmacias-creceran-11-llegaran-20-000-unidades-2025-anafarmex-20251008-780640.html